หลังจากสมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอลที่ 2 สิ้นพระชนม์ในวันที่ 2 เมษายน 2548 พระองค์ก็ทรงได้รับเลือกเป็นพระสันตะปาปาเมื่อวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2548 เมื่อพระชนมายุ 78 พรรษา เป็นสมเด็จพระสันตะปาปาที่มีอายุมากที่สุดที่เคยได้รับเลือก นับตั้งแต่สมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 7 (พ.ศ. 2273) และเป็นสมเด็จพระสันตะปาปาชาวเยอรมันพระองค์แรกตั้งแต่สมเด็จพระสันตะปาปาเอเดรียนที่ 6 (1522–1523) (สมเด็จพระสันตะปาปาเอเดรียนที่ 6 ทรงเป็นชาวเยอรมันด้วย เพราะในสมัยของพระองค์ เนเธอร์แลนด์รวมอยู่ในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งปกครองโดยบรรพบุรุษของชาวเยอรมันในปัจจุบัน) (สมเด็จพระสันตะปาปาองค์สุดท้ายก่อนหน้าพระองค์ที่มาจากดินแดนที่อยู่ในเขตเยอรมนีปัจจุบันคือสมเด็จพระสันตะปาปาวิกเตอร์ที่ 2 ซึ่งดำรงตำแหน่งในปี 1055-1057)

การเลือกตั้งพระสันตะปาปาคราวนี้ใช้เวลาเพียง 2 วันเท่านั้น และมีการลงคะแนนทั้งหมด 4 ครั้ง ซึ่งถือว่าเร็วมากเมื่อเทียบกับการเลือกตั้งพระสันตะปาปาครั้งที่ผ่าน ๆ มา